S inger es originario de la ciudad de Nueva York, creció en una casa-hogar judía en Nueva Jersey, Estados Unidos. Asistió a la escuela secundaria West Windsor-Plainsboro y realizó sus estudios de Dirección Cinematográfica en la Escuela de Artes Visuales de Nueva York y, más adelante, en la Escuela de Cine y Televisión de la Universidad del Sur de California en Los Ángeles. Singer fue criado en un hogar judío y ha declarado abiertamente su homosexualidad. Asimismo ha manifestado que el haber crecido como parte de una minoría le influyó en el desarrollo de su película X-Men.
Su compañía productora lleva el nombre de Bad Hat Harry Productions, y realiza trabajos para la televisión, el cine, DVD y videojuegos. Su nombre está tomado de una frase de su película favorita Tiburón: "That's some bad hat, Harry", se puede oír en el clip de los créditos de la compañía.
En abril de 2014 el actor Michael Egan lo acusó de haber abusado de él en 1999 cuando tenía quince años. Según las declaraciones de Egan, el director frecuentaba fiestas organizadas en diferentes mansiones en las que actores adolescentes eran violados repetidamente con la promesa de un papel. El actor finalmente retiró la demanda.